Il Club Nacional de Football nacque il 14 maggio 1899 dalla fusione dell’Uruguay Athletic Club e del Montevideo Football Club.
Come riporta il sito ufficiale del club, in quel periodo in Uruguay viveva meno di un milione di abitanti di cui un terzo solo a Montevideo, essendo la metà costituita da stranieri. Fu quindi un fatto storico che vedesse la luce una squadra creola, costituita cioè da nativi locali, e la portata di questo accadimento è ancora maggiore considerando che fu la prima di tutto il Sud America.
La fondazione avvenne in casa del Dr. Ernesto Caprario e vi presero parte soci, giocatori e dirigenti dei due club dissolti, molti dei quali erano studenti, fra cui venne eletto anche il primo presidente vale a dire Sebastián Puppo. A sottolineare il carattere di questa iniziativa al tempo stesso sportiva e nazionalista, si scelsero i colori dell’uniforme e della bandiera dell’eroe Artigas. Vennero adottati il rosso del suo poncho e il blu delle rifiniture rispettivamente per maglia, colletto e polsini, che i calciatori indossavano unitamente a un berretto sempre rosso con visiera blu; per la bandiera invece ci si ispirò all’insegna tricolore sempre del ‘Capo degli Orientali’. La maglia rimase tale fino al 1902, quando venne sostituita da quella bianca che sarebbe divenuta tradizionale.
In principio il Nacional giocava su un campo a Punta de las Carretas, dove debuttò battendo 2-0 in amichevole il Defensa il 26 giugno dello stesso anno della fondazione. Già nel 1900 però si trasferì nel neonato Gran Parque Central, che di lì a poco avrebbe ottenuto in usufrutto, e qui giocò per la prima volta il 27 maggio contro il Deutscher Fussball Klub appena due giorni dopo l’inaugurazione dell’impianto con l’incontro fra la stessa squadra della comunità tedesca e il CURCC – sfida questa spesso taciuta o comunque snobbata dai canali tricolor evidentemente per il rischio che al CURCC si associ il Peñarol che secondo gli aurinegros di quel club rappresenta la continuazione societaria risultando così il ‘decano’ uruguaiano come da parte blanca invece si nega.
L’anno successivo, quindi, la Uruguay Association Football League che era stata fondata la stagione precedente si risolse a invitare il club a prender parte alla prima Copa Uruguaya. Fu così scongiurata la sua iscrizione addirittura alla lega argentina, che era stata considerata una possibilità di fronte all’ostracismo dei club di origine straniera che dettavano legge.